Santa Cruz de Tenerife

Tecnología canaria que descrifra genomas

El Instituto de Enfermedades Tropicales y Salud Pública de Canarias y la Universidad de La Laguna han desarrollado IonGAP, una plataforma que acelerará el estudio del genoma en las Islas.
Francisco Mesa (@franciscomesa)
4/ago/14 01:12
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M. Expósito

El estudio del ADN es una disciplina en auge y amplía su abanico de aplicaciones a medida que se desarrolla su tecnología. La reintroducción de la paloma rabiche utilizando marcadores genéticos que incrementasen la biodiversidad de la población, el estudio de bacterias, la rutina clínica que permite dirigir tratamientos en oncología, o cuestiones relacionadas con la alimentación como la famosa "crisis del pepino", son aplicaciones prácticas de esta investigación que no son ajenas al Archipiélago.

El Instituto de Enfermedades Tropicales y Salud Pública de Canarias ha realizado conjuntamente con la Universidad de La Laguna un proyecto multidisciplinar en el que se ha desarrollado IonGAP, un sistema que reduce la complejidad en la investigación. "El gran problema actual a nivel internacional no está tanto en como leer las letras del ADN, sino en que hacer con ellas después de que se han secuenciado", destacó Carlos Flores, miembro del equipo que ha desarrollado el proyecto y asociado a la Unidad de Investigación del HUNSC. El instituto posee el único secuenciador masivo en el ámbito de la investigación de Canarias y uno de los problemas que tenían hasta el desarrollo de IonGAP era que el investigador no solo tenía que ser un experto en el genoma sino que además debía de ser un experto informático que "realizaba una veintena de procesos fragmentados, como en una cadena de montaje, que requieren un amplio conocimiento de cada uno de ellos para transformar el producto del secuenciador a un resultado con el que poder seguir trabajando. Ahora es tan sencillo como subir un fichero a una web", recalcó Flores.

Tras ofrecer públicamente en internet la herramienta desarrollada por el equipo investigador, el objetivo que se plantean es mejorarla con el fin de que ofrezca mayor información ya que al reducir la complejidad y tiempo que lleva el proceso se pueden incluir nuevos servicios. "Queremos llevarlo al ámbito oncológico para implementarla en el ámbito del cáncer renal. Vemos un nicho interesante porque podemos aportar algún tipo de tecnología que ayude al oncólogo a elegir el tipo de tratamiento", indicó Flores.

Una segunda línea de mejora está relacionada con la capacidad de cálculo. "Los equipos que hemos utilizado nos limitan a montar genomas bacterianos, relativamente pequeños, pero podría utilizarse en otros más grandes como el humano", afirmó Báez. La clave está en obtener la capacidad de cálculo para resolver problemas con billones de elementos. "En septiembre espero empezar el estudio de como aplicar computación de alto rendimiento utilizando el supercomputador Teide-HPC, el segundo más potente de España, para comprobar hasta que punto de complejidad podemos abordar en las islas", recalcó Báez.

M. Expósito

Ordenar puzles con millones de piezas

La secuenciación del ADN que se está realizando en Canarias utiliza un proceso de nueva generación que permite acelerar el estudio creando numerosas copias del genoma que se dividen en pequeños fragmentos para que puedan ser interpretados por un secuenciador masivo. La informática se encarga de ordenar este puzle de proporciones inabarcables para el ser humano. “El problema está en que cada pieza se genera aleatoriamente tanto en tamaño como orden. Es decir, cada copia del ADN genera su propio puzle. El proceso informático detecta partes comunes de las piezas que se originan en cada puzle con el fin de solaparlas y crear una pieza mayor. Así, de forma sucesiva, se repite este proceso con literalmente millones de fragmentos hasta tener la secuencia original sin ningún hueco”, destacó Adrián Báez.

IonGAp, tecnología Canaria que descrifa genomas